С началом войны осуществление Генерального плана реконструкции Москвы было практически остановлено. Продолжалось строительство нескольких станций метрополитена, но крупные градостроительные работы застопорились. Лишь после войны начался новый период градостроительной активности, и в 1947 году было решено построить в Москве несколько высотных зданий — для того, чтобы зрительно объединить реализованные участки плана. Эти здания должны были стать архитектурным обрамлением Дворца Советов, но в итоге заменили его.
Однако, вплоть до 1970-х годов Генеральный план 1935 года напоминал о себе. Хрущев, сменивший Сталина и отправивший в отставку его архитекторов, санкционировал в 1965 году прокладку Нового Арбата, магистрали, предусмотренной планом 1935 года. Последним реликтом Сталинского генплана стал Новокировский проспект.