Победа олимпийской заявки Пекина в 2001 году вызвала многочисленные протесты правозащитников и общественных деятелей, обвинявших Китай в притеснениях народа Тибета, поддержке авторитарных режимов в Судане и Мьянме и нарушениях прав человека. В 2007 году во многих странах началась масштабная кампания противников пекинской Олимпиады, которая достигла своего апогея во время эстафеты олимпийского огня (см. справку). Тон протестам задавали правозащитные организации, в частности "Репортеры без границ", разместившие на своем сайте петицию с призывом к бойкоту церемонии открытия. Конгрессмены США несколько раз инициировали принятие резолюций, призывавших президента Буша бойкотировать Олимпиаду, если Пекин не изменит своей политики в отношении Тибета и Дарфура. С такими же призывами выступили кандидаты в президенты США Барак Обама, Хиллари Клинтон и Джон Маккейн, а также лидер демократов в палате представителей Нэнси Пелоси. Бойкотом Игр грозили президент Франции Никола Саркози, будущий президент Тайваня Ма Инцзю и правительство Бельгии. Европарламент принял резолюцию, призывающую лидеров стран ЕС обдумать возможность бойкота церемонии открытия в случае, если позиция Китая по Тибету останется прежней. За бойкот выступали актеры Ричард Гир и Миа Фэрроу, музыкант Пол Маккартни. Режиссер Стивен Спилберг отказался от должности консультанта Олимпиады. Французская телекомпания France Televisions заявила, что не будет показывать Игры, если китайские власти прибегнут к цензуре. Тем не менее после разрушительного землетрясения, происшедшего 12 мая в провинции Сычуань, эта кампания пошла на убыль. В день открытия Игр в Пекине собралось около 80 глав государств и правительств из более 100 приглашенных. Из неприехавших политическими мотивами это объяснили только премьер-министр Чехии Мирослав Тополанек, президент и премьер Польши Лех Качинский и Дональд Туск и председатель Европарламента Ханс-Герт Петтеринг. Канцлер Германии Ангела Меркель сослалась на отпуск, премьер Италии Сильвио Берлускони — на жару, президент Украины Виктор Ющенко — на наводнение, президент Чехии Вацлав Клаус — на операцию на колене, генсек ООН Пан Ги Мун, премьер Канады Стивен Харпер и президент Эстонии Тоомас Хендрик Ильвес — на плотный рабочий график. Премьеры Великобритании и Бельгии Гордон Браун и Ив Летерм, а также президент Финляндии Тарья Халонен причин своего отсутствия не назвали, но обещали приехать на церемонию закрытия и свое слово сдержали. Глава испанского кабинета также пропустил церемонию открытия, но вместо него в Пекин прибыла высокопоставленная делегация во главе с принцем Астурийским Фелипе и главой МИД Испании Мигелем Анхелем Моратиносом. Не объяснялось отсутствие президентов Литвы и ЮАР, премьеров Новой Зеландии, Дании и Индии, а отсутствие лидеров Зимбабве, КНДР, Ирана и Судана вопросов ни у кого не вызвало.
24 июля Международный олимпийский комитет (МОК) отстранил сборную Ирака от участия в пекинской Олимпиаде из-за "вмешательства иракского правительства в дела национального олимпийского движения". Конфликт между МОК и Ираком начался еще в мае, когда правительство страны распустило национальный олимпийский комитет. Власти Ирака обещали предоставить "неопровержимые доказательства фактов коррупции членов ликвидированной организации", однако так этого и не сделали. Все приглашения в штаб-квартиру олимпийского движения для обсуждения ситуации также были проигнорированы. После этого МОК прибег к дисквалификации, однако 29 июня запрет был снят. Для урегулирования конфликта иракское правительство пообещало, что после Олимпиады в стране пройдут выборы в национальный олимпийский комитет, а в ожидании этого был сформирован временный состав комитета. В Олимпийских играх приняли участие четыре иракских спортсмена.
В день открытия Олимпийских игр, 8 августа, начался грузино-осетинский конфликт. Российский премьер-министр Владимир Путин в китайской столице экстренно обсуждал эту проблему в ходе двусторонних встреч с приехавшими на церемонию открытия Игр президентом США Джорджем Бушем, премьером госсовета КНР Вэнь Цзябао и другими политиками. Как сообщил журналистам российский премьер, он был удовлетворен полученным от них ответом, что "войны никто не хочет". На следующий день Владимир Путин завершил свою олимпийскую программу и уехал во Владикавказ, чтобы заняться урегулированием кризиса. А задержавшийся в Китае еще на два дня американский президент до отъезда сделал несколько жестких политических заявлений о "недопустимости" насилия в Грузии и "непропорциональной и опасной эскалации" конфликта с российской стороны.
Заложником конфликта оказалась грузинская сборная. 9 августа национальный олимпийский комитет страны заявил, что спортсмены могут покинуть Игры, если такое решение примет президент Михаил Саакашвили. Днем позже находившаяся в Пекине первая леди Грузии Сандра Руловс передала послание главы государства с призывом к спортсменам остаться "ради интересов своей страны". В случае отъезда, по словам представителя национального олимпийского комитета страны, сборной Грузии грозила бы дисквалификация "на следующие летние или зимние Игры".
Российская сборная отреагировала на события в Южной Осетии присоединением к объявленному в стране 13 августа трауру и проведением панихиды в память о погибших. Полную невозмутимость в данной ситуации удалось сохранить только президенту МОК Жаку Рогге, отказавшемуся обратиться к народам России и Грузии, поскольку "не дело президента выступать с обращениями на тему международной политической ситуации".
9 августа иранский пловец Мохаммад Алирезали отказался стартовать в одном заплыве на 100 м брассом с представителем Израиля Томом Беери. Днем позже представитель МОК заявил, что сборная Ирана может подвергнуться серьезным санкциям, если подтвердится, что спортсмен снялся с соревнования по политическим мотивам. Национальный олимпийский комитет Ирана опроверг предположение о бойкоте и заявил, что ничто не препятствовало заплыву, поскольку израильского и иранского спортсменов должны были разделять несколько дорожек. Сам Мохаммад Алирезали направил в МОК письменное заявление, в котором сообщил, что отказался плыть из-за болезни. Руководство МОК этим объяснением удовлетворилось и решило не наказывать сборную Ирана.