Впервые о создании Фонда обязательного медицинского страхования было сказано в законе #1499-1 "О медицинском страховании граждан в РФ", подписанном 28 июня 1991 года председателем Верховного совета РСФСР Борисом Ельциным. В качестве основной задачи фонда была определена аккумуляция финансовых средств на обязательное медицинское страхование населения. Структура появилась только после принятия постановления Верховного совета от 24 февраля 1993 года #4543-1 "О порядке финансирования медицинского страхования граждан на 1993 год". Фонд возглавил Владимир Гришин. 1 августа 1998 года его сменил Андрей Таранов.
Фонд является самостоятельным государственным финансово-кредитным учреждением. Координацию его деятельности осуществляет Министерство здравоохранения и социального развития, возглавляемое Михаилом Зурабовым. ФОМС занимается реализацией государственной политики в области обязательного медстрахования населения, финансирует целевые программы, среди которых обеспечение граждан лекарствами и медицинскими услугами. В рамках исполнения закона о монетизации льгот фонд получил право на контроль и учет средств, выделяемых из бюджета на лекарственное обеспечение льготников.
В структуру фонда ОМС входит центральный аппарат, 90 территориальных фондов с 832 филиалами, 276 страховых медицинских организаций с 90 филиалами, 8457 самостоятельных лечебно-профилактических учреждений. Общая численность сотрудников фонда — более 15 тыс. человек. В 2005 году бюджет фонда составил 88,9 млрд руб., в 2006 году — 113,3 млрд руб. На 2007 год бюджет фонда ОМС запланирован в объеме 104,7 млрд руб.