В апреле 2001 года выходец из петербургской милиции Андрей Новиков стал управляющим делами МВД, в мае 2003 года — начальником главного управления МВД по Северо-Западному округу, в феврале 2005 года — заместителем министра внутренних дел РФ. По данным СМИ, карьерному росту господина Новикова способствовали его хорошие знакомые — спикер Госдумы Борис Грызлов и помощник президента Виктор Иванов.
6 июля 2005 года в результате спецоперации под руководством Андрея Новикова в Дагестане уничтожен местный террорист, лидер подпольной группировки "Шариат" Расул Макашарипов (Муслим), совершивший как минимум 60 убийств и терактов.
В октябре 2005 года заместитель министра внутренних дел Новиков руководил спецоперацией в Нальчике, в ходе которой были уничтожены 92 боевика, в том числе лидер бандитского подполья Ильяс Горчханов, и задержаны десятки их пособников.
15 мая 2006 года на совещании в Генпрокуратуре господин Новиков представил новую концепцию борьбы с оргпреступностью. В соответствии с ней усилия подразделений милиции, борющихся с оргпреступностью, должны были быть сосредоточены только на группировках, которые "реально влияют на политическую и экономическую обстановку". От борьбы с мелкими преступными группами и непрофильными преступлениями борцов с оргпреступностью предполагалось освободить. О том, дали ли эти реформы какой-либо результат, не сообщалось.
В мае 2006 года Андрей Новиков руководил мероприятиями по выявлению в Дагестане сети фальшивомонетчиков. Было проведено 35 обысков, задержаны 25 человек, изъяты более 65 млн фальшивых рублей и 310 тыс. фальшивых долларов.