В начале 1999 года Федерация независимых профсоюзов России (ФНПР) громко объявила о подготовке своего варианта Трудового кодекса, альтернативного правительственному. Однако в феврале 2001 года на встрече с президентом Михаил Шмаков пообещал поддержать правительственный вариант кодекса — в случае переизбрания на пост главы федерации. В итоге дума приняла кодекс, разработанный в кабинете министров, а 29 ноября 2001 года Владимир Путин, выступая на съезде Федерации независимых профсоюзов, поблагодарил ее за помощь в принятии кодекса. Тогда же господин Шмаков был переизбран.
1 мая 2000 года на митинге в Москве Михаил Шмаков заявил, что введение единого соцналога "разрушит" все социальные фонды. Вскоре членские организации Федерации независимых профсоюзов провели акции против нового налога. Однако на заседании Госдумы 9 июня 2000 года господин Шмаков согласился с новым налогом, призвав лишь ограничить его действие несколькими регионами, чтобы проверить, "как эта система будет работать". Налог был принят.
2 октября 2002 года на генсовете ФНПР Михаил Шмаков объявил о намеченных на 17 октября по всей России шествиях и митингах против проекта бюджета на 2003 год и акции "Тысяча факсов каждому депутату". Цель акции состояла в отправке в Госдуму факсов с замечаниями ФНПР, предполагавшими повышение зарплаты бюджетникам не с октября, а с мая. Акция не была проведена, бюджет приняли в правительственной редакции.
20 мая 2004 года на встрече с Владимиром Путиным господин Шмаков заявил, что законопроект о монетизации льгот может ухудшить жизненный уровень населения. 10 июня прошла организованная ФНПР всероссийская акция протеста против монетизации. Однако 27 июля 2004 года Михаил Шмаков и Борис Грызлов подписали протокол о взаимодействии между профсоюзами и "Единой Россией" при подготовке проекта закона о льготных выплатах. Тогда же профсоюзный лидер заявил, что не будет проводить акций против монетизации и поддерживать митинги и демонстрации по этому вопросу.