7 февраля 1999 года замглавы МВД Владимир Колесников прибыл в Красноярск для расследования экономических преступлений. В ходе визита он завел дело против главы совета директоров Красноярского алюминиевого завода Анатолия Быкова, который обвинялся в махинациях, отмывании денег, незаконном хранении оружия и подготовке нескольких убийств. В итоге Анатолий Быков 19 июня 2002 года был приговорен к 6,5 годам условно, но уже по другому делу (за подготовку убийства предпринимателя Павла Струганова).
12 мая 2002 года замгенпрокурора Владимир Колесников приехал в Махачкалу для расследования теракта 9 мая в Каспийске (погибли 43 человека). Уже 15 мая он заявил о раскрытии преступления и назвал имя заказчика — полевого командира Раппани Халилова. Ряд исполнителей теракта задержаны, Раппани Халилов до сих пор в розыске.
Летом и осенью 2002 года господин Колесников несколько раз посещал Самару в рамках расследования дела АвтоВАЗа. 11 сентября 2002 года он сообщил, что у следствия есть "очень серьезные вопросы" к главе области Константину Титову. В ноябре замгенпрокурора лично допросил губернатора. Господин Титов еще несколько раз вызывался на допрос, но обвинение ему не предъявили.
21 ноября 2002 года Владимир Колесников прибыл в Магадан для контроля за ходом расследования убийства губернатора области Валентина Цветкова, совершенного 18 октября в Москве. По итогам визита возбужден ряд уголовных дел, косвенно связанных с убийством. По делу об убийстве позднее задержаны три человека, расследование продолжается.
28 августа 2003 года Владимир Колесников вылетел в Дагестан в связи с убийством министра по национальной политике, информации и внешним связям Дагестана Магомедсалиха Гусаева. Хотя командировка продлилась до октября, дело об убийстве министра так и осталось нераскрытым.
15 октября 2003 года зампрокурора направлен в Тольятти для расследования убийства главреда "Тольяттинского обозрения" Алексея Сидорова. 16 октября господин Колесников подтвердил версию МВД о бытовом характере преступления. В декабре 2004 года обвиняемый в убийстве сварщик Евгений Майнингер оправдан и вышел на свободу.
30 ноября 2004 года господин Колесников прибыл в Сухуми для урегулирования конфликта между двумя кандидатами в президенты Абхазии — Сергеем Багапшем и Раулем Хаджимбой. После переговоров кандидаты согласились пойти на второй тур в паре. 12 января 2005 года Сергей Багапш избран президентом, Рауль Хаджимба — вице-президентом.
10 сентября 2004 года господин Колесников приехал во Владикавказ, где взял под контроль расследование теракта в Беслане. Замгенпрокурора неоднократно рассказывал о работе следователей на пресс-конференциях, однако о его собственной роли в расследовании не сообщалось.
11 мая 2005 года Владимир Колесников отправился в Красноярск, чтобы проконтролировать расследование гибели пяти школьников. На месте он выявил недостатки в работе милиции и инициировал служебную проверку в отношении десяти милиционеров, искавших детей. 23 мая прокуратура отказала в возбуждении уголовного дела против сотрудников милиции "за отсутствием состава преступления".