20 февраля 2003 года задержан первый фигурант по делу — директор Магаданского НИИ рыболовства и океанографии Александр Рогатных, 11 марта задержан второй подозреваемый — общественный советник губернатора Виктория Тихачева. Еще один фигурант, бывший замглавы Госкомрыболовства Юрий Москальцов, с 26 марта находился под подпиской о невыезде. Четвертым подозреваемым стал также бывший замглавы Госкомрыболовства — Леонид Холод. Подследственным вменялось в вину получение с помощью губернатора Цветкова завышенных квот на научный вылов дорогостоящих морепродуктов (краба и моллюска трубача) и причинение этим ущерба государству в размере $38,5 млн. Квоты были реализованы компаниями "Магаданрыбфлот" и "Дальрыбфлот", принадлежащими Виктории Тихачевой.
25 июня 2003 года Александру Рогатных и Виктории Тихачевой предъявлены обвинения по ст. 159 ч. 3 УК РФ ("Мошенничество в составе организованной группы"), а Юрию Москальцову также по ст. 285 ч. 3 ("Использование служебного положения в преступных целях"). Дело против Леонида Холода закрыто за отсутствием состава преступления. 2 июля прокуратура Москвы завершила расследование, 24 декабря материалы дела переданы в суд.21 января 2004 года в Мосгорсуде прошли предварительные слушания. 16 марта свидетельские показания по делу дал экс-глава Минприроды Виталий Артюхов, 22 марта — бывший глава Госкомрыболовства Евгений Наздратенко. 13 апреля Мосгорсуд признал фигурантов виновными. Викторию Тихачеву и Юрия Москальцова приговорили к четырем годам лишения свободы в колонии общего режима, Александра Рогатных — к трем годам в колонии-поселении. 28 апреля адвокаты осужденных опротестовали приговор в Верховном суде.