В феврале 1992 года на базе 6-го управления создано Главное управление МВД России по борьбе с организованной преступностью (ГУБОП). В 1993 году в соответствии с указом президента РФ "О мерах по защите граждан, охране правопорядка и усилению борьбы с преступностью" были сформированы 12региональных управлений по борьбе с организованной преступностью (РУБОП), подчиняющихся непосредственно ГУБОПу.
Одним из самых известных руководителей региональных управлений был Владимир Рушайло, возглавлявший Центральный РУБОП, ставший впоследствии министром внутренних дел, а сейчас занимающий пост секретаря Совета безопасности РФ.В 2000 году в функции ГУБОПа была включена борьба с коррупцией. В августе 2001 года РУБОПы были преобразованы в территориальные УБОПы, подчиняющиеся региональным УВД. С сентября 2002 года из состава УБОПов выведены специальные отряды быстрого реагирования (СОБР), которые переименовали в отделы милиции специального назначения и подчинили Службе криминальной милиции. Свой СОБР остался только у Главного управления по борьбе с оргпреступностью.
Функции ГУБОПа — пресечение деятельности преступных сообществ, банд и организованных групп, пресечение их финансирования, выявление и привлечение к ответственности должностных лиц и госструктур, действующих в интересах преступных сообществ. ГУБОП также занимается расследованием фактов похищения людей, захвата и удержания заложников, вымогательств, незаконного приобретения, сбыта, хранения, перевозки огнестрельного оружия, боеприпасов. К компетенции главка также относятся преступления в сфере экономики, совершаемые организованными группами.