Создано указом президента РФ от 12 мая 2014 года. Является федеральным органом исполнительной власти, отвечает за выработку и реализацию государственной политики в сфере социально-экономического развития Северо-Кавказского федерального округа. Координирует реализацию государственных и федеральных целевых программ на территории СКФО (госпрограмма развития СКФО до 2025 года, ФЦП "Юг России" до 2020 года и др.), создает условия для привлечения инвестиций. Участвует в управлении госкомпаниями "Курорты Северного Кавказа" и "Корпорация развития Северного Кавказа". В структуру министерства входит семь департаментов — инвестиционных проектов, международного сотрудничества, стратегического развития, территориального мониторинга и др. Бюджетное финансирование на 2015 год — около 9 млрд руб., на 2016 и 2017 годы запланированы расходы в 10,02 млрд руб. и 7,77 млрд руб. соответственно.