24 августа 1991 года президент Борис Ельцин назначил главой администрации Краснодарского края народного депутата Василия Дьяконова, поддержавшего его во время ГКЧП. 30 июня 1992 года депутаты краевого совета выразили недоверие главе региона. 26 ноября он был отстранен от должности указом президента. 23 декабря главой администрации назначен вице-губернатор Николай Егоров.
16 мая 1994 года господин Егоров переведен в Москву на пост министра РФ по делам национальностей и региональной политике. 12 августа того же года руководителем края назначен глава Курганинского района Евгений Харитонов. 15 июля 1996 года он был освобожден от должности "в связи с переходом на другую работу" (о новом месте не сообщалось). В тот же день по указу президента на пост главы края вернулся Николай Егоров, возглавлявший до этого администрацию президента РФ.
27 октября 1996 года на выборах губернатора края победил экс-глава краевого Совета народных депутатов Николай Кондратенко (57,14% голосов), поддержанный КПРФ и Народно-патриотическим союзом. Однако голосование признали несостоявшимся из-за низкой явки (43,3%). 22 декабря 1996 года на повторных выборах снова первым был господин Кондратенко, набравший уже 82% голосов.
Выборы 3 декабря 2000 года выиграл депутат Госдумы от КПРФ Александр Ткачев (81,8%), которого Николай Кондратенко называл своим преемником. Вторым стал предприниматель Игорь Крамаренко (5,2%). 14 марта 2004 года Александр Ткачев переизбрался (84% голосов). Вторым стал кандидат "против всех" (7,62%).
В 2007 и 2012 годах полномочия господина Ткачева по представлению президента дважды продлевались региональным парламентом.
На выборах в Госдуму 4 декабря 2011 года "Единая Россия" набрала в регионе 56,15% (в целом по стране — 49,31%). На выборах президента 4 марта 2012 года Владимира Путина поддержали 63,72% избирателей (по стране — 63,6%).
22 апреля 2015 года Александр Ткачев был назначен министром сельского хозяйства РФ. Врио губернатора стал заместитель управляющего делами президента РФ Вениамин Кондратьев.