13 ноября 2010 года газета "Ведомости" со ссылкой на источники сообщила, что господин Якунин "закрывает дела". В статье отмечалось, что он покинет компанию по истечении контракта — летом 2011 года. Официальных комментариев не последовало.
10 февраля 2011 года президент Дмитрий Медведев раскритиковал Владимира Якунина за "неудовлетворительное" обеспечение безопасности на транспорте. Эпизод породил волну слухов в СМИ об отставке главы РЖД. В июне того же года контракт с господином Якуниным был продлен.
19 июня 2013 года информагентства, ссылаясь на пресс-релиз правительства, распространили новость об отставке Владимира Якунина. Пресс-секретарь правительства Наталья Тимакова сообщила, что "информация была отправлена с поддельного адреса неизвестными лицами". В декабре 2013 года господин Якунин сообщил, что авторы "утки" установлены. "Те, кто эту провокацию совершил, спокойно спать не могут, пускай переживают",— заявил он, не назвав конкретных имен.
11 февраля 2014 года телеканал "Дождь" сообщил, что с Владимиром Якуниным не будет продлен контракт и он покинет пост уже в июне. Преемником назывался председатель совета директоров РЖД Кирилл Андросов. Слухи об уходе из компании господин Якунин назвал "весенним обострением".
25 июня 2014 года газета "РБК daily" сообщила, что контракт с Владимиром Якуниным не продлевают несколько недель. 25 августа Дмитрий Медведев подписал распоряжение о переназначении главы РЖД.
15 января 2015 года в интервью каналу "Россия 24" Владимир Якунин заявил, что считает распоряжение правительства о раскрытии доходов глав госкорпораций "вмешательством в личную жизнь". Он не исключил вероятности того, что может "написать заявление и уйти в частный бизнес".