В январе 1994 года кабинет министров Башкирии учредил АООТ "Башкирская нефтехимическая компания" ("Башнефтехим"). Компания объединила четыре НПЗ, в каждом из которых владела по 56-85% акций.
В сентябре 1998 года указом президента Башкирии Муртазы Рахимова образовано ОАО "Башкирская топливная компания" (БТК). В уставный капитал были внесены госпакеты "Башнефтехима", "Башкирэнерго", "Башнефти", башкирских подразделений "Транснефти" и "Транснефтепродукта".
В августе 2002 года Муртаза Рахимов указом разрешил приватизацию компаний ТЭКа республики.
В апреле 2003 года БТК и "Башнефтехим" продали в рассрочку на десять лет за 13 млрд руб. контрольные пакеты "Башнефти", "Башкирэнерго", четырех НПЗ и "Башнефтепродукта" семи ООО, учрежденным физлицами.
В июле 2003 года семь ООО передали свои доли в компаниях ТЭКа в виде вклада в ООО "Башкирский капитал" (БК), бенефициаром которого считался сын Муртазы Рахимова Урал. В августе все паи в БК были проданы семи компаниям: по 19,99% в нем стали принадлежать Новоуфимскому и Уфимскому НПЗ, "Уфанефтехиму", "Башнефтехиму", 15% — "Уфаоргсинтезу", 4,3% — "Башнефтепродукту", 0,7% — "Башкирэнерго".
В мае 2005 года арбитражный суд Башкирии удовлетворил иск Минимущества республики к БК о возврате республике 63% акций "Башнефти" и 32% акций "Башкирэнерго". Истец утверждал, что предприятия проданы по заниженной цене без одобрения акционеров БТК. В июне в ходе апелляции Минимущество отозвало иск, заявив об урегулировании спора во внесудебном порядке.
В августе 2005 года БК продал за $503 млн блокпакеты предприятий ТЭКа "дочке" АФК "Система" — ОАО "Система-инвест". Оставшиеся акции были переведены на баланс четырех благотворительных фондов — "Урал", "Агидель", "Инзер" и "Юрюзань", за которыми стояли одноименные ООО, учрежденные, по неофициальным данным, под контролем Урала Рахимова.
В декабре 2006 года инспекция ФНС по крупнейшим налогоплательщикам оспорила сделки, в результате которых БК раздробил пакеты предприятий ТЭКа и перевел их фондам. Налоговики сочли, что сделки привели к неуплате налогов. Претензии к компании составляли 42 млрд руб. В 2007 году арбитражный суд Москвы иск удовлетворил. В феврале 2009 года во время рассмотрения кассации ФНС отозвала иск.
В марте 2009 года АФК "Система" за $2,5 млрд выкупила у фондов остававшиеся у них акции ТЭКа. Активы были объединены в ОАО "АНК "Башнефть"", в которой "Система" вместе с дочерними структурами в итоге контролировала около 85% голосующих акций.