20 февраля 1988 года совет депутатов Нагорно-Карабахской автономной области (НКАО) обратился к руководству СССР, Армянской и Азербайджанской республик с просьбой о передаче Нагорного Карабаха Армении. Политбюро ЦК КПСС ответило отказом, что привело к массовым акциям протеста в Ереване и Степанакерте, а также к погромам среди как армянского, так и азербайджанского населения.
В декабре 1989 года власти Армянской ССР и НКАО подписали совместное постановление о включении области в состав Армении, на что Азербайджан ответил артиллерийским обстрелом карабахской границы. В январе 1990 года Верховный совет СССР объявил чрезвычайное положение в зоне конфликта. Силы МВД СССР и Советской армии проводили акции по разоружению участников столкновений до августа 1991 года, когда в Москве начался путч, приведший к развалу СССР.
2 сентября 1991 года в Степанакерте была провозглашена Нагорно-Карабахская республика (не признана ни одним государством ООН). Официальный Баку признал данный акт незаконным. В ходе начавшейся войны между Азербайджаном, Нагорным Карабахом и поддерживающей его Арменией стороны потеряли убитыми от 15 тыс. до 25 тыс. человек, более 25 тыс. получили ранения, сотни тысяч мирных жителей покинули места проживания. С апреля по ноябрь 1993 года Совбез ООН принял четыре резолюции с требованием о прекращении огня в регионе.
5 мая 1994 года три стороны подписали соглашение о перемирии, в результате которого Азербайджан фактически потерял контроль над Нагорным Карабахом. Официальный Баку до сих пор считает регион оккупированной территорией.