9 июня 2004 года Мосгоризбирком (МГИК) отказался регистрировать инициативную группу из 68 человек, предложившую референдум по трем вопросам: о согласовании точечной застройки с жителями, о запрете отключения горячей воды на срок более трех дней и о расселении жильцов сносимых домов в равнозначное жилье. МГИК пояснил, что формулировки вопросов не соответствуют Конституции РФ и законодательству Москвы.
19 мая 2009 года группа москвичей сдала в МГИК документы на проведение референдума о возврате прямых выборов мэра. 1 июня избирком направил документы в Мосгордуму, но прокуратура признала решение комиссии нелегитимным. Тем не менее Мосгордума рассмотрела заявку, но признала предложенные на референдум вопросы не соответствующими законодательству.
В апреле 2011 года избирком отказал КПРФ в регистрации группы по проведению референдума о заморозке тарифов ЖКХ и очередности капремонта домов. Причиной отказа назвали неправильно поставленные под ходатайством подписи. В августе Верховный суд (ВС) признал решение избиркома незаконным. В дальнейшем избирком дважды повторно отказывал коммунистам, а ВС признавал эти решения незаконными. В декабре 2013 года МГИК одобрил ходатайство о проведении референдума.
14 июня 2012 года МГИК отказал "Справедливой России" в регистрации инициативной группы по проведению референдума о самороспуске Мосгордумы. Основанием для роспуска в партии называли расширение территории Москвы. 23 августа Мосгорсуд признал незаконным решение избиркома, 20 сентября в регистрации группы партии было вновь отказано.
20 июня 2013 года территориальная избирательная комиссия единогласно зарегистрировала инициативную группу из 152 жителей района Митино, которые борются против стройки в парке. 26 июня совет депутатов района отклонил инициативу провести местный референдум. Депутаты решили, что это вопрос не районного, а городского значения.