Большой бизнес Сергея Пугачева начался с создания в 1992 году Межпромбанка, который в 1990-х годах обслуживал часть счетов управделами президента. В начале 2000-х СМИ сообщали о его близком знакомстве с Владимиром Путиным и даже называли банкиром "православных силовиков". В декабре 2001 года, став сенатором от Тувы, господин Пугачев формально вышел из бизнеса, но сохранил над ним контроль.
В 2003-2005 годах Межпромбанк через Объединенную промышленную корпорацию (ОПК) стал владельцем судостроительных "Северной верфи" (72,23%) и Балтийского завода (88%), а также ЦКБ "Айсберг" (75,81%). Также ОПК принадлежали 14% ОКБ Сухого, объекты недвижимости в Москве (например, проект комплекса "Кремлевский" в Средних торговых рядах на Красной площади), Подмосковье и на Кубани, Енисейская промышленная компания (ЕПК) с лицензией на Элегестское угольное месторождение в Туве, розничный банк М+, Национальный банк Республики Тыва, 56% телерадиокомпании "Московия", французские газета France Soir и телеканал Luxe, сеть гастрономических бутиков Hediard. Сообщалось о покупке господином Пугачевым элитной недвижимости в Европе. В 2008 году под управлением ОПК были активы на 300 млрд руб., бизнесмен с $2 млрд в последний раз вошел в рейтинг миллиардеров.
В кризис 2008-2009 годов состояние Сергея Пугачева сократилось до $500 млн. О серьезных проблемах стало известно в июне 2010 года, когда Межпромбанк не внес очередные платежи по беззалоговым кредитам ЦБ и заложил судостроительные активы. Вскоре к банку были поданы многомиллиардные иски. 5 октября ЦБ лишил Межпромбанк лицензии, а 30 ноября он был признан банкротом.
Сергей Пугачев начал терять активы. Находившиеся в залоге ЦБ "Северная верфь" и Балтзавод достались госхолдингу ОСК. ЕПК выкупили частные инвесторы. Земли на Рублевке ушли ВТБ по кредиту в $2,4 млрд, а договор на реконструкцию Средних торговых рядов Кремль расторг. "Московию" выкупила АФК "Система". Контроль над Банком Тувы перешел к республике. В феврале 2013 года началась процедура банкротства ОПК. Процесс затронул и зарубежную собственность: в 2012 году парижский суд признал банкротом France Soir, в 2013 году о банкротстве объявила Hediard. В феврале 2012 года по требованию АСВ был наложен арест на замок Шато-де-Гаро в Ницце.