Образована в марте 2004 года. В 2012 году переведена из ведения МВД в прямое подчинение правительству. Ключевые полномочия — паспортно-визовая работа, оформление гражданства, ведение регистрационного учета граждан, выдача разрешений на привлечение иностранной рабочей силы. В структуру центрального аппарата ведомства входят три департамента и 12 самостоятельных управлений. ФМС имеет представительства в Латвии, Киргизии, Армении, Таджикистане, Туркмении, Молдавии и на Украине. Предельная штатная численность — 37 342 человека (в центральном аппарате — 678 человек). За девять месяцев 2013 года служба составила около 2 млн протоколов о нарушении миграционного законодательства, выдворила и депортировала более 39 тыс. человек. Сумма штрафов составила 4,9 млрд руб. Также в 2013 году служба выдала 6,6 млн загранпаспортов, оформила 261 тыс. разрешений на временное проживание и видов на жительство. В федеральном бюджете на 2013 год запланированы расходы на работу ФМС в размере 31 млрд руб.