Реконструкция Большого театра обсуждалась с конца 1980-х. В 1999 году тендер на разработку проекта выиграли архитекторы Михаил Белов и Михаил Хазанов, однако их предложения одобрены не были и главным архитектором стал Никита Шангин. В начале 2005-го генпродрядчиком по строительным работам выбрали ЗАО "СУИпроект". Тогда же Роскультура оценила стоимость проекта в 25 млрд руб. 1 июля 2005-го историческая сцена закрылась на реконструкцию, которую планировалось закончить к 2008 году. В августе разгорелся конфликт руководства театра с Минэкономразвития, требующего урезать расходы почти в три раза. В результате смета была сокращена до 15 млрд руб., а затем до 11,7 млрд руб. (каждый раз приходилось корректировать проект).
В 2006 году выяснилось, что здание находится в худшем состоянии, чем предполагалось. Тогда же из-за недовольства ходом работ из попечительского совета театра вышел мэр Москвы Юрий Лужков. В 2007-м сроки окончания работ были отодвинуты на 2009-й, а позже на 2010-2011 годы. В 2008 году из-за неопределенности вокруг проекта свой пост покинул Никита Шангин.
В мае 2009 года в ситуацию вокруг театра вмешался Дмитрий Медведев, создавший межведомственную группу для контроля за ходом реконструкции. Президент поручил мэру Лужкову еженедельно проводить выездные заседания со строителями. Тогда же произошла смена генподрядчика: компанию "СУИпроект" купила группа "Сумма" Зиявудина Магомедова. На тот момент была выполнена лишь треть строительных работ, общая стоимость проекта оценивалась в 21,6 млрд руб.
В августе 2009 года Счетная палата сообщила о выявлении финансовых нарушений при реконструкции, включая завышение стоимости проектных работ в 16 раз. По результатам проверки Следственный комитет при прокуратуре возбудил уголовное дело по ч. 1 ст. 285 УК РФ (злоупотребление должностными полномочиями).
1 октября 2011 года Большой театр сдан в эксплуатацию. 28 октября состоялось торжественное открытие с участием мировых оперных звезд. Тогда же сообщалось, что со всеми урезаниями стоимость работ составила не менее 24,2 млрд руб.