21 декабря 2010 года Главное следственное управление ГУВД Москвы возбудило уголовное дело против президента Банка Москвы Андрея Бородина и его зама Дмитрия Акулинина. Основанием стала выдача банком необеспеченного кредита на 12,76 млрд руб. ЗАО "Премьер Эстейт", которое перевело деньги структурам супруги тогдашнего мэра Москвы Юрия Лужкова Елены Батуриной. Экс-мэр и его жена проходят по делу свидетелями.
В апреле 2011 года стало известно, что господа Бородин и Акулинин уехали в Лондон. В мае Тверской суд Москвы заочно арестовал их. В сентябре следственный департамент МВД предъявил бывшим топ-менеджерам новые обвинения в рамках дела "Премьер Эстейт" — по статье о мошенничестве в особо крупном размере. В ноябре экс-банкиров объявили в международный розыск по линии Интерпола.
В начале 2012 года стало известно о возбуждении против экс-руководителей Банка Москвы еще четырех дел: о незаконном присвоении $199 млн при продаже "дочки" банка ЗАО "Инвестлеспром", о мошенничестве при конвертации средств на банковских счетах, о незаконном выводе денег за рубеж (общий объем махинаций по двум этим эпизодам — 8 млрд руб.) и о хищении акций Столичной страховой группы на 1,7 млрд руб.
В марте 2012 года Генпрокуратура подала запрос о выдаче Андрея Бородина из Великобритании. В мае прокуратура Швейцарии возбудила уголовное дело в отношении экс-банкиров по подозрению в отмывании денег через местные банки. В октябре МВД сообщило об аресте размещенных в банках Швейцарии, Бельгии и Люксембурга $400 млн, принадлежащих Андрею Бородину. Кроме того, под арест попали его активы в России: земельные участки, объекты незавершенного строительства, автомобили и 8 млн акций Банка Москвы. В Эстонии и на Багамских островах также были начаты уголовные дела об отмывании.
В марте 2013 года СМИ сообщили, что после нескольких отказов экс-глава Банка Москвы получил политическое убежище в Великобритании. Всего в ходе расследования новое руководство Банка Москвы направило в следственные органы 53 заявления по фактам причинения ущерба на общую сумму 136 млрд руб.