С избранием в апреле 2005 года папой римским Бенедикта XVI получил новое развитие конфликт между Ватиканом и КНР. В 1951 году официальные отношения между Святым престолом и Пекином были разорваны, и в настоящее время в Китае де-факто существует две католические церкви. Подконтрольная правительству Католическая патриотическая ассоциация насчитывает 4 млн верующих, а еще около 8 млн тайных католиков признают над собой власть папы. После смерти Иоанна Павла II китайская сторона заявила о намерении возобновить контакты с Ватиканом на условиях отказа от признания Тайваня и наделения китайских властей правом самостоятельно назначать епископов в КНР. В ходе переговоров по неофициальным каналам выяснилось, что по второму пункту согласовать позиции невозможно. В мае 2006 года Пекин назначил трех епископов без согласования их кандидатур с понтификом, чем вызвал резкую критику из Рима. В сентябре 2007 года Ватикан задним числом одобрил назначение епископом Пекина Иосифа Ли Шаня. В июле 2011 года получивший без ведома папы сан епископа Шаньтоу Иосиф Хуан Бинчжан был отлучен от церкви.
По схожему сценарию развивались отношения между Святым престолом и Русской православной церковью (РПЦ). В апреле 2005 года в Ватикане прошла встреча новоизбранного Бенедикта XVI и митрополита Смоленского и Калининградского Кирилла, ныне патриарха Московского и всея Руси. Официальные представители католической и православной церквей заявляли тогда о взаимном желании наладить "конструктивный диалог". Основной проблемой двусторонних отношений стало разграничение сфер влияния на "канонических территориях", а также постулат о главенстве папы римского среди предстоятелей христианских церквей. В декабре 2007 года представители РПЦ заявили, что не признают статус католических епархий на территории России. Переговоры о встрече понтифика и патриарха закончились ничем прежде всего из-за отсутствия прогресса в вопросе положения православной церкви на Западной Украине.
В сентябре 2006 года в Университете Регенсбурга Бенедикт XVI процитировал слова византийского императора Мануила II о том, что пророк Мухаммед принес миру лишь "зло и бесчеловечность". Заявление вызвало острую реакцию мусульман по всему миру. Боевики из иракских группировок "Джейш аль-муджахидин" и "Ансар ас-Сунна", а также сирийской "Джунд аш-Шам" заявили о намерении "нанести удары" по Ватикану. Спустя несколько дней папа выразил сожаление в связи с реакцией на его слова, уточнив, что произнесенная цитата не является его собственной позицией. В октябре того же года в англоязычном журнале Islamica 38 духовных лидеров и исламских теологов опубликовали открытое письмо, в котором заявили, что принимают принесенные извинения.
В 2007 году громкий скандал вызвало намерение Ватикана канонизировать Пия XII, занимавшего папский престол во время Второй мировой войны. Особый резонанс этим планам придало отношение к Пию XII в Израиле, где в мемориальном комплексе "Яд Вашем" под его фотографией в 2005 году поместили надпись "Даже когда до папы дошли известия об уничтожении евреев, он продолжил хранить молчание". В ответ на критику со стороны Тель-Авива папский нунций Антонио Франко заявил, что намерен бойкотировать мемориал. А в начале 2009 года Главный раввинат Израиля разорвал официальные отношения со Святым престолом в знак протеста против решения вернуть в лоно церкви четырех отлученных епископов из Великобритании, в том числе отрицающего холокост Ричарда Уильямсона. Ситуацию удалось урегулировать после апостольского визита Бенедикта XVI в Израиль в мае 2009 года и фактической приостановки процесса беатификации (причисления к лику блаженных) Пия XII.