Фонды
Икона "Богоматерь Умиление" (Белозерская), XIII век,— в Спасо-Преображенский собор в Белозерском кремле, с территории которого недавно выселен музей.
"Апостол Петр", "Апостол Павел", "Сретение" и "Крещение Христа", конец XIV — первая четверть XV века, мастерская Андрея Рублева,— в Успенский собор города Владимира.
Из Государственной Третьяковской галереи
"Дмитрий Солунский", конец XII — начало XIII века,— в Успенский собор города Дмитрова.
"Богоматерь Толгская", конец XIII века, и весь деисусный чин — в ярославский Толгский монастырь, куда уже передана Явленная Толгская икона Божией Матери из Ярославского художественного музея.
"Никола Зарайский с житием", начало XIV века,— в собор Николая Чудотворца в Зарайске.
"Вознесение" из праздничного "васильевского" чина, 1408 год, Андрей Рублев и Даниил,— в церковь села Васильевского близ Шуи, Ивановская область.
"Звенигородский" деисусный чин, 1410-е годы, Андрей Рублев,— в Саввино-Сторожевский монастырь.
"Троица Живоначальная", около 1412 года, Андрей Рублев,— в Троицкий собор Троице-Сергиева монастыря.
"Благовещение Устюжское", 30-40-е годы XII века, и "Спас Нерукотворный", вторая половина XII века,— в Успенский собор Московского кремля.
Из Музея древнерусской культуры им. Андрея Рублева
Волоколамская Владимирская икона Божией Матери, 1572 год (вклад Малюты Скуратова в Иосифо-Волоколамский монастырь),— в Иосифо-Волоколамский (Волоцкий) монастырь.
Иконостас Преображенского собора XVII века (около 60 икон) — в собор Спасо-Ефимиевского монастыря в городе Суздале.