Вскоре после ратификации соглашения о поставках российской нефти в Белоруссию, Минск заявил, что Россия, вводя экспортные пошлины на нефть с 1 января 2010 года, нарушает свои обязательства по формированию Таможенного союза России, Белоруссии и Казахстана. По мнению замминистра иностранных дел Андрея Евдоченко, такой шаг не позволит Союзу развиваться.
16 февраля заместитель министра иностранных дел Белоруссии Андрей Евдоченко заявил журналистам, что введение РФ экспортной пошлины на нефть с 1 января 2010 года является нарушением обязательств РФ по формированию Таможенного союза России, Белоруссии и Казахстана. "Формально создан прецедент по выведению энергетического сектора из Таможенного союза. Мы считаем это фундаментальным отступлением от согласованных позиций, которые позволили этому формату (Таможенному союзу. — "Ъ") быть созданным и развиваться", — сказал он.
Замминистра отметил, что Белоруссия будет настаивать на отмене экспортной пошлины на нефть с 1 июля 2010 г, когда должна начать функционировать единая таможенная территория. В данный момент претензии белорусской стороны переданы в секретариат комиссии Таможенного союза.
Отметим, после подписанного 27 января соглашения, вице-премьер Белоруссии Владимир Семашко не скрывал, что белорусская сторона не удовлетворена условиями соглашения. Минск остается сторонником обсуждавшегося ранее механизма беспошлинной торговли внутри Таможенного союза с последующим межбюджетным распределением пошлин, взимаемых на внешней границе Таможенного союза. Однако 12 февраля и Россия, и Белоруссия подписали протокол о внесении изменений в соглашение между правительствами двух стран о мерах по урегулированию торгово-экономического сотрудничества в области экспорта нефти и нефтепродуктов. В соответствии с протоколом, вывозной таможенной пошлиной не облагается российская нефть для внутреннего потребления Беларуссии. На 2010 год этот объем установлен в размере 6,3 млн тонн.
Напомним, РФ сокращала поставки на нефтеперерабатывающие заводы Белоруссии, поскольку белорусская сторона, ссылаясь на создание Таможенного союза, оспаривала решение России облагать полной пошлиной на экспорт нефти поставки в Белоруссию за пределами квоты в 6,3 млн тонн в 2010 году, которая поставляется беспошлинно. В 2009 году часть поставок осуществлялась по сниженной почти в три раза пошлине, и Белоруссия настаивала или на увеличении беспошлинной квоты, или на увеличении тарифа на транзит нефти по своей территории в несколько раз — полная российская пошлина делала убыточным экспорт белорусских НПЗ (6,3 млн тонн предназначались для внутреннего потребления в Белоруссии).