28 марта 2001 года Владимир Путин отправил в отставку главу Минобороны Игоря Сергеева, МВД Владимира Рушайло, налоговой полиции Вячеслава Солтаганова и Минатома Евгения Адамова. Причиной смены силовиков он назвал необходимость "демилитаризации общественной жизни".
24 февраля 2004 года смещен премьер-министр Михаил Касьянов. Господин Путин объяснил это желанием ускорить административную реформу и показать, с какой командой он пойдет на выборы. По мнению самого экс-премьера, президент подозревал, что Михаил Касьянов планирует смену власти.
31 мая 2005 года президент Северной Осетии Александр Дзасохов после встречи с полпредом Дмитрием Козаком объявил, что хочет "дать дорогу молодому поколению". Настоящей причиной отставки главы региона, сохранившего пост даже после теракта в Беслане, считается отказ подписать план полпреда по урегулированию осетино-ингушского конфликта.
9 марта 2005 года глава Корякского АО Владимир Логинов стал первым губернатором, отстраненным "в связи с утратой доверия". В указе отмечалось "ненадлежащее исполнение им своих обязанностей". Доверие утрачивали глава Ненецкого АО Алексей Баринов и Амурской области Леонид Коротков, против которых возбуждались уголовные дела.
4 сентября 2005 года Владимир Путин уволил главкома ВМФ Владимира Куроедова в связи с истечением срока службы. Настоящей причиной назывались многочисленные ЧП на флоте, в том числе авария батискафа АС-28 месяцем ранее.
2 июня 2006 года президент попросил Совет федерации отстранить генпрокурора Владимира Устинова "на основании личного заявления". Источники в Кремле связывали это с рядом несогласованных с главой государства шагов прокуратуры, в частности, арестом 25% привилегированных акций "Транснефти".