Работавшая в Басманном суде Москвы Елена Ярлыкова выносила несколько громких приговоров по делам, связанным с нефтяной компанией ЮКОС. Так, 13 марта 2006 года судебная тройка Басманного суда под ее председательством приговорила к пяти годам колонии главу компании "Росинкор" Дмитрия Величко, который помог фиктивным фирмам ЮКОСа уйти от уплаты налогов. Он был признан виновным в мошенничестве и лжепредпринимательстве. 5 марта 2007 года госпожа Ярлыкова приговорила к 11 и 12 годам колонии строгого режима бывшего заместителя директора дирекции внешнего долга ЮКОСа Владимира Переверзина и экс-гендиректора компании "Ратибор" Владимира Малаховского, которые обвинялись в хищении нефти "дочек" ЮКОСа на $13 млрд и легализации преступных доходов. Еще один подсудимый — экс-глава компании "Фаргойл" Антонио Вальдес-Гарсиа в ходе процесса сбежал в Испанию.
19 мая 2009 года госпожа Ярлыкова вынесла приговор руководителю товарищества "Социальная инициатива" Николаю Карасеву и еще трем топ-менеджерам компании, обвинявшимся в хищении у соинвесторов жилья около 1 млрд руб. и отмывании свыше 400 млн руб. Они получили от семи до десяти лет колонии строгого режима.
Кроме того, судья Ярлыкова санкционировала аресты фигурантов целого ряда громких дел. Среди них вице-президент ЮКОСа Василий Алексанян, начальник департамента оперативного обеспечения Госнаркоконтроля Александр Бульбов, экс-руководитель Главного следственного управления следственного комитета при прокуратуре РФ Дмитрий Довгий, вице-президент "Евросети" Борис Левин. 7 августа 2007 года ею был санкционирован заочный арест Бориса Березовского (по делу о хищении $13 млн из банка "СБС-агро") — причем это была уже шестая санкция на арест политэмигранта, выданная российскими судами.
В январе 2008 года Елена Ярлыкова продлила арест заместителю министра финансов РФ Сергею Сторчаку, обвиняемому в попытке хищения бюджетных средств.