В заявлении представителя Белого дома Майка Хаммера говорится, что США "глубоко взволнованы и опечалены" смертью Натальи Эстемировой и требуют "призвать виновных к ответу". Глава МИД Франции Бернар Кушнер заявил, что Париж "со всей решительностью осуждает это ужасное убийство". Министр иностранных дел Германии Франк Вальтер Штайнмайер отметил, что поражен "трусливым актом", совершенным в отношении "отважного борца за права человека на Кавказе". Руководитель внешнеполитического ведомства председательствующей в Евросоюзе Швеции Карл Бильд призвал российские власти "оперативно и тщательно расследовать убийство".
Новый председатель Европарламента Ежи Бузек сообщил, что парламент "ценил ее работу в сфере защиты прав человека". "Сколько еще Наталий Эстемировых и Анн Политковских должно быть убито, прежде чем российские власти начнут защищать людей, которые отстаивают права российских граждан?" — задался вопросом генсек Совета Европы Терри Дэвис.
Глава правозащитной организации Amnesty International Айрин Хан сказала, что "ужасная трагедия" является "еще одной попыткой заткнуть рот гражданскому обществу в России". "Кажется, открыт сезон охоты на тех, кто пытается пролить свет на ужасающие нарушения прав человека в Чечне",— считает глава Human Rights Watch Кеннет Рот. Заместитель директора Freedom House Томас Мелиа назвал смерть Натальи Эстемировой "огромной потерей для всего правозащитного сообщества в России". Организация "Репортеры без границ" призвала власти "прилюдно осудить это убийство и продемонстрировать истинное намерение бороться с безнаказанностью".