Хотя по-настоящему ключевую роль в политической жизни ЕС Европейский парламент начнет играть лишь после утверждения Лиссабонского соглашения, уже сейчас депутаты обладают широкими полномочиями и принимают решения, непосредственно влияющие на судьбу союза.
Одним из важнейших полномочий Европарламента является возможность утверждать или не утверждать бюджет ЕС. Так, в 1999 году Европейский парламент отказался утверждать бюджет ЕС, представленный Еврокомиссией во главе с Жаком Сантером. Депутаты обвинили некоторых комиссаров в финансовых махинациях и потребовали отставки комиссии. Под давлением Европарламента 15 марта комиссия Жака Сантера ушла в отставку.
Европейский парламент также может одобрять или не одобрять кандидатуры еврокомиссаров, представленные главой Еврокомиссии. Например, в 2004 году Европарламент отказался утверждать итальянского политика Рокко Бутильоне в качестве комиссара ЕС по правосудию, свободе и безопасности, кандидатура которого была отклонена из-за жесткой позиции по отношению к сексуальным меньшинствам. В итоге глава Еврокомиссии Жозе Мануэл Баррозу согласился с парламентариями, и кандидатура Бутильоне была отвергнута.
Европейский парламент также принимает ключевые пакеты законов, которые определяют правила игры на европейском рынке. Например, в декабре 2006 года Европарламент утвердил директиву по регистрации, оценке и разрешению на химикаты (Reach Directive). Этот пакет положений, вступивший в силу в июне 2007 года, определяет, что все ввозимые и используемые в ЕС химикаты должны проходить регистрацию и проверку на наличие веществ, опасных для здоровья человека и сохранности окружающей среды.
В июне 2007 года Европарламент принял директиву, регулирующую деятельность мобильных операторов при международных звонках внутри стран ЕС (Roaming Directive). Эта директива вводила конкретные максимальные тарифы, выше которых операторы не могли поднимать цены при оказании услуг роуминга внутри ЕС.
Важную роль директивы Европарламента играют и в обеспечении безопасности ЕС. Например, в марте 2006 года депутаты приняли директиву о сохранении данных (Data Retention Directive), которая обязывала всех операторов сотовой и обычной телефонной связи, а также интернет-провайдеров сохранять записи звонков и копии электронных писем в течение двух лет.
Наконец, 22 апреля 2009 года Европарламент одобрил "третий энергетический пакет" — план либерализации энергетического рынка Европы, предусматривающий разделение вертикально интегрированных энергетических компаний и усиление роли национальных регуляторов при управлении энергосетями.