13 августа 2007 года у станции Малая Вишера в результате подрыва железнодорожного полотна произошло крушение пассажирского поезда N 166 "Невский экспресс".
16 августа 2007 года за причастность к теракту задержаны члены Питерской лиги анархистов Андрей Каленов и Денис Зеленюк, 19 августа — житель Новгородской области чеченец Хасан Дидигов. В сентябре их всех отпустили без предъявления обвинений. На причастность к теракту проверялись петербургские националисты Александр Воронов, Александр Исаев и Тарас Музалев, их участие во взрыве также доказано не было.
23 октября 2007 года в Ингушетии задержаны предполагаемые пособники террористов, братья Амирхан и Макшарип Хидриевы. В ноябре глава МВД Рашид Нургалиев сообщил о раскрытии дела благодаря профессионализму его подчиненных. Впоследствии Амирхана Хидриева также отпустили, сняв все обвинения. Предполагаемого организатора взрыва, Павла Косолапова, следствие установило только в августе 2008 года, задержать его до сих пор не удалось.
18 декабря 2007 года в Назрани при задержании еще одного подозреваемого, местного жителя Саланбека Дзахкиева, произошел конфликт между осетинскими и ингушскими милиционерами. Осетинские силовики, пытающиеся вывезти Дзахкиева с территории Ингушетии, были задержаны своими ингушскими коллегами и отпущены только после вмешательства главы МВД республики Мусы Медова.
26 апреля 2008 года анархист Андрей Каленов подал иск к Минфину, требуя 1 млн руб. компенсации за несправедливый арест. О развитии дела не сообщалось.
10 июля 2008 года следственный комитет при прокуратуре РФ обвинил адвоката Дзахкиева Магомеда Разакова в покушении на дачу взятки в 1 млн руб. руководителю следственной бригады Николаю Ущаповскому за прекращение преследования его подзащитного. 14 июля защитник арестован.