Родился 27 апреля 1941 года около города Эрзурума (Турция). В 1951 году стал хафизом — профессиональным чтецом Корана, а в 1959-м назначен вторым имамом мечети в городе Эдирне на северо-западе страны. В 1961 году начал военную службу в поселке Мамак (Анкара). В 1964 году — учитель Корана и имам при мечети в Эдирне. В разное время проповедовал в Стамбуле, Измире и других городах. С 1970 года поддерживал идеи богослова Саида Нурси по восстановлению исламских традиций, позже создал религиозную организацию "Нурджулар" (запрещена в России). После военного переворота 1980 года Фетхуллах Гюлен ушел в отпуск, а в 1981 году подал в отставку. В 1986 году был задержан по обвинению в призывах ввести в Турции шариат (позже освобожден).
В 1999 году он выехал в США на лечение и не вернулся на родину. 16 октября 2000 года над проповедником начался заочный суд по обвинениям в стремлении установить в Турции режим шариата, в 2008 году следствие было прекращено. В это время философ поддерживал Партию справедливости и развития премьер-министра Реджепа Тайипа Эрдогана, но в 2010 году, после неудачной "гуманитарной акции" в секторе Газа, подверг его действия публичной критике. В мае--июне 2013 года он также осудил разгон протестующих против застройки парка Гези (Стамбул). В декабре, после ареста 52 высокопоставленных чиновников во время операции "Большая взятка", премьер заявил, что она была спланирована Фетхуллахом Гюленом. После этого в стране прошли массовые задержания полицейских, многих из них обвиняли в участии в неформальной организации "Хизмет" ("Параллельное государство"), создателем которого власти также называли философа. 19 декабря 2014 года суд Стамбула по запросу прокуратуры выдал ордер на арест Фетхуллаха Гюлена в рамках дела о незаконной прослушке телефонов руководства страны (в 2015 году был выдан повторно).
В марте 2016 года власти Турции обвинили его в создании напряженности на юго-востоке страны, территории курдов. В апреле--мае в стране были задержаны более 100 человек, предположительно, связанных с "Хизметом". 14 июля 2016 года турецкие СМИ сообщили, что Анкара направит в США запрос на экстрадицию Фетхуллаха Гюлена, обвиняемого в создании террористической организации и попытке свержения правительства.