Впервые о возможности создания министерства, которое отвечало бы за дальневосточные регионы, в декабре 2006 года заявил полпред в Дальневосточном федеральном округе (ДФО) Камиль Исхаков. Его инициатива не нашла отклика в центре.
21 января 2012 года глава МЧС Сергей Шойгу на встрече с премьером Владимиром Путиным предложил создать корпорацию для развития Восточной Сибири и Дальнего Востока. Зоной ее ответственности должна была стать территория "от западных границ Красноярского края до Камчатки, естественно Курильской гряды, Сахалина". Среди кандидатов на пост главы корпорации назывались сам господин Шойгу, первый вице-премьер Игорь-Шувалов, экс-спикер Госдумы Борис Грызлов.
7 февраля Владимир Путин заявил, что для продвижения проектов в регионе нужно создать "либо госкомпанию, корпорацию, либо крупное акционерное общество со стопроцентным государственным капиталом". В начале марта в правительстве была создана рабочая группа для проработки этого вопроса.
20 марта появилась информация, что структуру планируется создать в форме автономного некоммерческого партнерства. Ему предлагалось передать акции крупных госкомпаний (АЛРОСА, РЖД, "Интер РАО" и других) на сумму более 500 млрд руб. 20 апреля в СМИ попал разработанный Минэкономики проект закона о создании корпорации по развитию Восточной Сибири и Дальнего Востока. Предполагалось, что новая структура будет подчинена непосредственно президенту и получит широкие полномочия (включая право без конкурса раздавать лицензии на полезные ископаемые) и налоговые льготы.
28 апреля Игорь Шувалов заявил, что решение о создании структуры для развития Дальнего Востока "состоялось", однако насчет формы "еще идет обсуждение". Он признал, что подготовленный законопроект многих не устраивает. В частности, против создания госкорпорации высказался Минфин.
21 мая 2012 года указом президента в структуре правительства было создано министерство по развитию Дальнего Востока. В тот же день его возглавил полпред в ДФО Виктор Ишаев.