В 2002-2003 годах господин Полонский проходил подготовку в Центре подготовки космонавтов для полета на МКС, но полет сорвался. По официальной версии — по медицинским причинам, по версии СМИ — из-за финансовых проблем.
В марте 2008 года в Канне на частной вечеринке в рамках выставки MIPIM бизнесмен публично заявил: "У кого нет миллиарда, тот пусть идет в жопу".
В октябре того же года предприниматель публично пообещал, что съест "свой любимый галстук на Красной площади", если через полтора года рынок столичной недвижимости не вырастет как минимум на 25%. В мае 2011 года в студии интернет-программы писателя Сергея Минаева "Минаев live" господин Полонский признал, что ошибся в прогнозах, и пожевал небольшой кусок галстука.
В сентябре 2011 года на съемках передачи "НТВшники" Сергей Полонский вступил в потасовку с главой Национального резервного банка Александром Лебедевым. В октябре того же года следствие возбудило в отношении банкира уголовное дело по статье "Хулиганство", а позже Сергей Полонский подал иск к Александру Лебедеву в Лондоне.
В сентябре 2012 года стало известно о возбуждении уголовного дела по факту крупного мошенничества при строительстве Mirax Group многофункционального жилого комплекса "Кутузовская миля". По версии следствия, руководством группы у дольщиков было похищено не менее 3,2 млрд руб. Господин Полонский тогда связал расследование с конфликтом между акционерами Mirax.