В рамках программы обратного зачета государство погашает свой долг перед предприятиями, поставщики которых должны бюджету. Схема проведения зачета следующая: министерства составляют реестры своих поставщиков и передают их в один из уполномоченных банков. Поставщики приходят в депозитарий банка, представляют документы (договоры, акты сверки взаимной задолженности), и им открывают счета "депо". Такие же счета открывают и все остальные участники зачета. На этих счетах отражаются права требования. Фактически зачет означает переуступку этих требований "по цепочке".
После построения такой цепочки депозитарием и утверждения ее Минфином и ГНС деньги приходят на открытые в том же банке балансовые счета, проходят по той же цепочке и сразу возвращаются в бюджет в виде налогов.