За годы работы в Думе Виктор Илюхин не раз оказывался в фокусе скандальных историй, больно бьющих по репутации
В 1998 году газета "Московские новости" утверждала, что парламентарий стал председателем президиума одной юридической компании, что дало основание обвинить его в незаконном занятии адвокатской практикой и использовании депутатского положения в корыстных целях.
В декабре 1999 года СМИ писали о покушении на Илюхина в подъезде его дома. Сотрудники правоохранительных органов, расследовавшие это дело, не исключили, что преступление было инсценировано "потерпевшим" — накануне выборов в Госдуму.
В 2000 году Виктора Илюхина обвиняли в растрате средств со счетов движения "В поддержку армии, оборонной промышленности и военной науки", лидером которого он стал после гибели генерала Льва Рохлина.
В 2003 году появилась информация, что Илюхина небескорыстно и щедро спонсирует предприниматель и "водочный король" Юрий Шефлер, числившийся в федеральном розыске.
В 2008 году случилась самая громкая и неприятная для Илюхина история — он оказался замешанным в дело "Общака".
Вкратце фабула этого сюжета такова. Когда готовился судебный процесс над крупными криминальными авторитетами Дальнего Востока, правоохранительные и судебные инстанции были буквально завалены обращениями различных ходатаев, направленными, по сути, на развал дела. На эти цели преступным сообществом были выделены 300 млн рублей, а рекордсменом составленных по шаблону обращений в поддержку воров в законе (более 30 подач по разным адресам) был именно Виктор Илюхин, член комиссии по противодействию коррупции. Предметом его особой заботы был один из лидеров "Общака" Эдуард Сахнов (Сахно) — его интересы как предпринимателя и мецената бывший прокурор Илюхин защищал особенно рьяно. Защита, правда, не помогла — Сахно получил по приговору суда 25 лет тюрьмы (после кассации срок сокращен на 3 года). А Илюхина за странную активность пожурила комиссия по этике Госдумы. Как извещал "Огонек" ее председатель Александр Гуров, "комиссия обратила внимание депутата на недопустимость запросов (обращений) в судебные органы с конкретными просьбами в интересах определенных лиц".