В ноябре 2007 года, спустя месяц после начала работы следственного комитета, Генпрокуратура разработала законопроект, предусматривающий изъятие у комитета права расследования преступлений небольшой и средней тяжести (60% всех дел). Одновременно Генпрокуратура безуспешно оспаривала арест сотрудника Госнаркоконтроля Александра Бульбова и отменила постановление следствия о возбуждении второго уголовного дела против замминистра финансов Сергея Сторчака.
В декабре замгенпрокурора Виктор Гринь издал приказ о проведении проверки комитета. Глава следственного комитета Александр Бастрыкин заявил, что проверка нацелена исключительно "на поиск компрометирующих фактов".
31 января 2008 года на Всероссийском совещании следственных органов генпрокурор Юрий Чайка указал, что с сентября прокуроры выявили 23 тыс. случаев необоснованных отказов следователей в возбуждении уголовных дел. Позже господин Чайка неоднократно высказывал критику в адрес комитета, указывая, в частности, на более чем 50-процентный рост количества нераскрытых преступлений.
5-7 мая 2008 года следственного комитета освободил двух обвиняемых в соучастии в убийстве обозревателя "Новой газеты" Анны Политковской. Решение было принято без уведомления Юрия Чайки, который лично курировал это дело.
12 мая 2008 года господин Бастрыкин возобновил следствие по делу в отношении первого заместителя генпрокурора Александра Буксмана. Дело расследовалось в 2005-2006 годах на основании заявления юриста Инны Ермошкиной, обвинявшей господина Буксмана в превышении полномочий при проведении конкурса на замещение должностей нотариуса. В июне 2008 года генпрокурор Юрий Чайка отменил распоряжение главы следственного комитета.
12 февраля 2009 года на коллегии следственного комитета заместитель генпрокурора Виктор Гринь констатировал снижение качества работы следователей в 2008 году. По его словам, прокурорами было отменено каждое пятое постановление о возбуждении уголовного дела.