С 1987 года, когда Бальтасар Гарсон стал следственным судьей национального суда Испании, он стал инициатором множества громких расследований, обвиняемыми по которым проходили известнейшие люди Испании и всего мира.
Дело GAL
В 1987 году Гарсон возглавил расследование деятельности тайной организации Grupos Antiterroristas de Liberacion, действовавшей под контролем властей и занимавшейся ликвидацией сторонников баскской террористической группировки ЭТА. Результатом расследования стала отставка правительства Испании, арест и осуждение министра внутренних дел Хосе Баррионуэво Пеньи, главы испанской службы национальной безопасности Рафаэля Веры и десятка других правительственных чиновников и партийных функционеров Испанской социалистической рабочей партии.
Дело Necora
В 1989 году Гарсон занялся деятельностью колумбийских наркокартелей в испанской провинции Галисия. Помощником Гарсона был его нынешний главный обвинитель Лусиано Варела. В 1990 году Гарсон предъявил обвинение 49 испанцам, сотрудничавшим с колумбийскими наркокартелями. Практически все арестованные были позднее оправданы судом.
Дело капитана Силинго
В 1996 году Гарсон открыл следствие в отношении бывшего капитана аргентинских ВВС Адольфо Силинго, которого обвиняли в организации так называемых полетов смерти во времена военной диктатуры в Аргентине, когда политических противников режима выбрасывали из самолетов или вертолетов в Атлантический океан. В 2005 году Силинго был приговорен к 640 годам тюремного заключения. Отбывает наказание в испанской тюрьме.
Дело Egin и ЭТА
В 1998 году Бальтасар Гарсон распорядился закрыть баскскую газету Egin из-за ее связей с террористической организацией ЭТА. Решение Гарсона было позже отменено за недостаточностью улик. Тем не менее он продолжил расследование деятельности ЭТА и ее легальных организаций. В 2002 году по его распоряжению была запрещена деятельность партии Batasuna, политического крыла ЭТА. А в 2008 году Гарсон запретил деятельность партий, созданных на основе Batasuna.
Дело Пиночета
В 1998 году Гарсон выдал международный ордер на арест бывшего чилийского диктатора Аугусто Пиночета по обвинению в пытках и убийствах. Пиночет, находившийся в Лондоне, был арестован и в течение некоторого времени находился под домашним арестом. Дело Пиночета дошло до палаты лордов — высшей судебной инстанции Британии. В конце концов запрос об экстрадиции был отклонен лично министром внутренних дел Британии.
Дело Atletico
В 1999 году Гарсон занялся расследованием деятельности известного политика и предпринимателя Хесуса Гиля, бывшего мэра города Марбелья и владельца футбольного клуба Atletico Madrid. В 2002 году ему были предъявлены обвинения в коррупции и растрате средств футбольного клуба. В том же году Гиль умер, однако в 2004 году суд посмертно признал его виновным.
Дело Гусинского
В 2000 году Гарсон выдал ордер на арест проживавшего в стране опального российского предпринимателя Владимира Гусинского. Ордер был выдан во исполнение запроса на экстрадицию, переданного испанцам российской стороной. Впрочем, ордер на арест был вскоре отменен, Гусинский освобожден, а затем в 2001 году Гарсон принял решение о том, что Гусинский не может быть выдан России.
Дело Осамы бен Ладена
В 2003 году Гарсон выдвинул официальные обвинения в убийстве и терроризме против Осамы бен Ладена и нескольких десятков членов "Аль-Каиды". Ордера на арест бен Ладена и других аль-каидовцев так и не были исполнены.
Дело Сильвио Берлусокони
В 2006 году Гарсон распорядился начать расследование деятельности итальянского премьер-министра и предпринимателя Сильвио Берлускони. Гарсона интересовала деятельность Берлускони в связи с испанским телеканалом Telecinco, владельцем которого он был. Расследование было позже прекращено.
Дело Гуантанамо
В 2009 году Гарсон начал расследование сообщений о применении пыток в отношении заключенных на базе Гуантанамо. Дело не было завершено.
